《条例》明确，生态保护补偿应遵循政府主导、企业和社会参与、市场化运作、可持续的原则。县级以上人民政府通过财政转移支付等方式，对森林、湿地、海洋、渔业、耕地等重点领域和国家公园等重点生态区域内承担生态保护责任的有关单位和个人按照规定给予补偿。在规定的补偿范围之外，市、县、自治县人民政府可根据本地区生态功能定位、本级财力状况等因素扩大生态保护补偿范围和提高补偿标准。《条例》分别对森林、湿地、海洋、渔业、耕地等重点领域设置了专门条款，进一步细化和完善了重要生态系统的补偿政策，并对各领域生态保护补偿范围、主体、考量因素、主管部门责任以及激励与约束机制作了详细规定。《条例》特别设置了海洋生态保护补偿条款，将海湾、河流入海口、海岛、滩涂等重点海洋生态系统纳入补偿范围，同时以列举的方式，明确了国家公园等生态保护补偿重点生态区域。
《条例》提出，在政府主导型生态保护补偿基础上，采取区域间合作、市场交易等多元补偿方式。一方面，鼓励生态受益地区与生态保护地区通过签订生态保护补偿协议，开展横向生态保护补偿活动。另一方面，推动建立市场化生态保护补偿机制，逐步推进市场化交易补偿。包括建立绿色产品标识、绿色金融、绿色采购等激励机制，促进生态产品价值实现；推进海南省水资源使用权确权工作，鼓励水权人通过节约使用水资源有偿转让相应取水权，获得相应补偿；探索碳排放权交易补偿模式，逐步构建以碳排放权抵消机制为核心的交易机制等。《条例》按照《海南自由贸易港建设总体方案》中关于生态保护补偿机制建设的要求，确立企业社会参与的基本原则，并在进一步明确各级政府及其相关部门在生态保护补偿方面的职责、严格规范政府行为的基础上，贯彻环境共治理念，注重引导、发挥社会主体参与生态保护补偿的重要作用。《条例》提出，鼓励社会主体主动开展海洋生态保护活动，鼓励社会力量参与生态保护补偿活动等。
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