《办法》规定了食品安全国家标准规划和制（修）订计划的内容及制定程序、标准起草过程要求、公开征求意见要求、标准审查程序、标准批准发布形式及实施后的管理等。
《办法》要求以食品安全风险评估结果和食用农产品质量安全风险评估结果，作为制定标准的主要依据，参照国际食品法典标准，同时充分考虑我国的社会经济发展水平。在标准起草、审查等环节均体现公开透明原则。起草完成后，应当书面征求标准使用单位、科研院校、行业和企业等各方面意见。鼓励社会广泛参与食品安全国家标准工作，任何单位和个人都可以提出标准制（修）订的建议。
2009年4月，在《卫生标准管理办法》的基础上，卫生部组织起草了《食品安全国家标准管理办法（草案）》，并征求有关部委和各省级卫生厅局的意见。2010年2月，卫生部发布《食品安全国家标准审评委员会章程》后，根据章程对《草案》进行了修改完善。2010年4月30日至5月25日，《草案》向社会公开征求意见，共收到439条意见。根据收集到的反馈意见，卫生部对《草案》作了进一步修改，最终形成了《食品安全国家标准管理办法》。
