我国是一个历史悠久、疆域辽阔、物产丰富的农业大国，这是发展生态农业旅游发展的物质基础。但是现代生态农业旅游在我国起步较晚，上个世纪八十年代后期，改革开放前沿的深圳举办了首届荔枝节，吸引近22万国内外来宾应邀参加，贸易成交5亿多元，随后又开办了采摘园，均取得了良好的经济效益。随后在全国的很多地方，他们结合自己的农业特点、自然资源和文化遗产相继建成了具有一定规模和一定面积的生态农业园、高新农业科技示范园等。为了顺应这一发展趋势，1998年国家旅游局推出“华夏城乡游”的主题旅游，“住在农家、吃在农家、玩在农家”成为生态农业旅游一的项重要内容。从此以后，全国各地相继出现了一批农业生态旅游项目，其中较有名的有：上海孙桥现代农业开发区、北京的绵绣大地、苏州农林大世界、无锡马山旅游农业科技示范园、江阴华西现代农业示范园等。中国产业洞察网研究部调研显示，全国很多地方在大力发展生态农业旅游的过程中，逐渐显现出一些行业发展问题。
项目重复建设现象严重，行业处于低水平的无序竞争状态。近年来，随着经济的发展，国内休闲旅游需求急剧增长，为生态农业游客提供了广阔的客源市场。很多生态农业旅游投资者因为急功近利，在没有完全认识环境资源和产业规划的前提下盲目效仿，导致在某一区域生态农业旅游项目重复建设现象严重，生态农业资源的开发模式雷同、功能相似，从而很容易造成行业间的低水平无序的恶性竞争，不利于生态农业旅游产业的健康、可持续发展。
只注重经济效益，忽略社会效益和生态效益。多数生态农业旅游经营者只追求经济利益，而忽略社会效益和生态效益。他们在修建旅游设施时大肆乱砍乱伐，普遍缺乏对自然环境、原生态文化和可持续发展方面的特殊考虑，造成当地自然环境、社会文化的破坏和资源的闲置与浪费。在很多生态农业旅游景区，由于游客的大量涌入，外来的一些文化对当地的地域民俗文化特色造成了一些破坏。这些都违背了生态农业旅游的可持续发展，有悖于建设“美丽中国”的思想方针。
旅游方式单一，景区人工化倾向严重。目前生态农业旅游项目中，游客旅游的方式单一，主要是以参观游览为主，缺少特色和多样性。旅游商品不但品种单调、缺乏新意并且更新也慢，没有突出优势的拳头产品，而且大多都是一些未经加工或简单加工的初级农产品，缺乏地方文化特色和生态农业特色。在一些开发项目中生态果园、林地、垂钓较为普遍，而生态养殖场、租赁果园、开心农场、个性化菜地开发却相对较少，难以满足游客多种的旅游需要；其次是景区人工化倾向严重，生态农业旅游的基础是农业体系内部功能的良性循环和生态合理性，但目前多数经营开发者认识不清，片面追求短期效益，大搞建设，在一些风景优美的农业区，大兴土木，城市化、人工化痕迹明显，这与生态旅游、可持续发展背道而驰。
经营管理不完善，政府职能发挥不到位。生态农业旅游目前还没有直接隶属的管理机构，市场的开发和经营行为得不到宏观的规范和管理。很多生态农业旅游旅游区是在原有的农业基础上自主开发形成的，经营管理者往往都是文化层次不高的农民，他们缺乏科学的管理理论基础，缺乏培训，缺乏先进的管理经验，这些常常会造成管理混乱、宰客、欺诈等影响当地旅游形象的不文明现象的出现，很难把旅游做大做强。在这个方面，政府本应该发挥自己宏观调控和微观管理方面的职能，但是在很多地方，相关部门管理相互扯皮，管理不到位，这些都直接影响生态农业旅游的可持续性发展。
